将卡特琳娜流放，AX被解散。
9、蔷薇十字骑士团策划
系列活动，导致人类世界和帝国之间关系戏剧性地恶化。利用所谓致命“事件”，教皇厅出动
反阿尔比恩和帝国十字军，这使得维持百年、长生种与短生种之间平衡最终瓦解，短生种开始向长生种宣战。这时，卡特琳娜依旧沉浸在亚历山卓之死悲伤之中，由于胶原病恶化，她卧床不起，对这局势无能为力。
10、由弗兰契斯柯领导十字军开始入侵帝国，但被帝国军击败。同时，位于阿尔比恩十字军在多佛海峡遭到艾丝缇军队顽强抵抗后被迫撤退。接连战败让弗兰契斯柯感到绝望，最终，他决定使用核武器……在核武器攻击下，帝国第二大城市提米索拉（Timisoara）被毁灭。弗兰契斯柯第二个目标是帝国首都拜占庭和阿尔比恩首都伦迪尼姆。
11、为防止核攻击，塞丝不得不解开隐藏在帝国宫殿方舟重启封印，打算利用卫星轨道上方舟所搭载卫星炮来摧毁教皇厅核军事基地。然而，这正是该隐所期待。旦塞丝揭开封印，该隐就能进入系统，让狄特里希控制方舟，他们企图让方舟降落到地球上。
12、亚伯和以恩追踪着该隐行踪进入拜占庭。在帝国，亚伯、塞丝和该隐展开激战。战斗中，狄特里希启动方舟上卫星炮。罗马被直接命中，整个城市被摧毁。教皇厅全灭，弗兰契斯柯被杀。幸运是，卡特琳娜正在米兰疗养，躲过此劫。该隐依旧想让方舟降落到地球上，但塞丝牺牲自己生命阻止他计划。帝国女王芙乐蒂卡，即塞丝·奈特罗德死亡。混乱中，亚伯和该隐似乎同归于尽，但事实上两人都生还，只是受重伤。
13、罗马毁灭和女王芙乐蒂卡被杀使世界陷入混乱中。两年后，由于蔷薇十字骑士团操纵，亚伯·奈特罗德被陷害为“来自教皇厅暗杀者”。因此，当人类世界由于失去罗马和教皇厅而陷入混乱之时，帝国向短生种宣战。开战两年后，帝国夺取短生种半领土。人类国家只有两个幸存下来，阿尔比恩和格马尼库斯。
14、作为战胜国，帝国由于无法控制领土快速扩张而开始减慢行军速度。同时，艾丝缇军队和她领导前教皇厅成员（包括前AX成员）形成股顽强反帝国力量，使帝国陷入两难境地。
15、年轻Kaurstein伯爵之女卡米拉在街上捡到名短生种（亚伯），这个银发碧眼短生种失去记忆。经过调查，他似乎和阿尔比恩女王艾丝缇有着某种联系。急于想获得战功卡米拉带着这个银发年轻人进入敌方领土，计
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