藩惶惧不安，在日记中说：“少荃来，与之畅谈。因本日见阎丹初与李申夫书，有云赞襄政务王大臣八人中，载垣、端华、肃顺并拿问，余五人逐出枢垣。服皇太后之英断，为自古帝王所仅见，相与钦悚久之。”(4)
虽然曾国藩一生的原则是不攀附权贵，和肃顺的个人关系并不亲密，但是谁都知道，曾国藩是“肃顺这条线”上的人。肃顺已倒，他会不会受到牵连？曾国藩连日“悚仄忧皇”(5)，不能自安。
出乎意料的是，曾国藩的权位在政变后不但没有受到任何影响，反而还进一步提升。咸丰十一年（1861）十月十八日，政变后不到二十天，朝廷就发布谕旨：“钦差大臣两江总督曾国藩，着统辖江苏、安徽、江西三省，并浙江全省军务，所有四省巡抚、提镇以下各官，悉归节制。浙江军务，着杭州将军瑞昌帮办。”(6)
一总督而节制四省，以及驻防将军为总督帮办军务，在清朝都是前所未见之事。
事实证明，慈禧和奕的组合，比咸丰要明智。相对咸丰，奕更清楚要消灭太平天国，就必须重用曾国藩。他“虽与肃顺为敌，但对肃顺的政策、路线毫不存成见，善则留，恶则去，绝不似一般政争中人亡政息、全盘否定的习见形态”(7)。而慈禧掌权之始，也能对奕的建议从善如流。
当然，他们做出这一决定，也与曾国藩“不结交京中权贵”这一一贯原则有关。肃顺虽然极推重曾国藩，但是曾国藩却与肃顺走得不近，因据说肃顺被诛后，“籍其家，搜出私信一箱，内唯曾文正无一字。太后叹息，褒为第一正人”(8)。
曾国藩表示谦抑，上疏辞谢节制四省，并且说“臣一人权位太重，恐开斯世争权竞势之风，兼防他日外重内轻之渐”。也就是说，我怕我一个人手中权力太重，以后会导致地方尾大不掉，影响中央的权威。新班子回复了一段颇带感情色彩的朱批：“具见谦卑逊顺，虑远思深，得古大臣之体。在曾国藩远避权势，自应如此存心，方不至起骄矜之渐。而国家优待重臣，假以事权，从前本有实例。曾国藩晓畅戎机，公忠体国，中外咸知。当此江浙军务吃紧生民涂炭，我两宫皇太后孜孜求治，南望增忧，若非曾国藩之悃忱真挚，亦岂能轻假事权？”
也就是说，曾国藩这道奏折非常谦逊，而且想得很远，有古大臣之风。从曾国藩来说，当然应该存着避嫌之心，才不会在以后变成权臣，这是臣子的本分。而从国家来看，给曾国藩以大权，是经过慎重考虑的。曾国藩一方面有卓越的军事才能，另一方面，能公忠体国，所以朝廷才这样倚重。如果不是因为他对朝廷这样真挚诚恳，朝廷也不会轻易给他如此大的权力。
