曾国藩大规模自裁湘军，既减轻
朝廷对他
疑虑，也使湘军后期带来诸多弊端
百。此时湘军已染上很深暮气，纪律已经败坏，经常骚扰地方。随着军队遣散，这些问题也就解决。
朱东安说：“曾国藩主要依靠这条
不早点谋划引退，将来陷入争权夺利中去，就会变成个庸俗政客。因此倘若攻克金陵，“决计引退”(49)。
他知道兄弟二人权势已达峰巅，现在最需要做是自剪羽毛。他应对，是奏请曾国荃辞职返乡，另个是主动裁撤湘军。
曾氏兄弟二人同居高位，势力太大，要让清廷放心，兄弟两人须有人暂时离职，韬光养晦。就目前情形看，因为朝廷最不放心也最厌恶是曾国荃，不妨让他先回家避避风头。等到时过境迁，朝廷猜疑之心解除之后，自然还会想起曾国荃来，大用机会还很多。现在外间虽有闲话，但随着老九隐退，也必然会慢慢消解。曾国藩劝解老九说：“弟少耐数月以待之，而后知吾言之不谬也。”(50)
让曾国荃暂时离职（当时叫“开缺”）理由，自然是身体欠佳，“万难再当大任”。曾国藩代曾国荃正式奏请“开缺回籍”，调理身体。不过他在奏折中也点明，此举也是“求所为善聚不如善散，善始不如善终之道”，说明曾氏兄弟希望与朝廷有始有终愿望。(51)
按传统时代政治惯例，朝廷在这种情况下应该适当挽留下，所以曾国藩第道奏折没有得到批准。曾国藩遂于八月二十七日上第二道奏折。这次朝廷反应奇快，九月初四日即发下上谕批准，其间仅仅隔七天。可见慈禧和恭亲王是多
迫切地希望曾国荃从他们眼前消失。
清廷对曾国藩更不放心是他手里军队。曾国藩在同治三年（1864）四月初三日致李鸿章函中说：
长江三千里，几无船不张鄙人之旗帜，外间疑敝处兵权过重，利权过大，盖谓四省厘金，络绎输送，各处兵将，呼百诺，其相疑良非无因……(52)
长江三千里上下，几乎没有条大船不挂着“曾”字旗帜。因此别人怀疑
手中兵权过大，说掌握四省财政，对天下各处军队都有影响力，这种说法也不是没有道理。
曾国藩总结历史，得出个结论：“自古握兵柄而兼窃利权者，无不凶于国，而害于家。”因此毅然决定裁撤。
七月十三日，距离湘军攻占金陵还不到个月，曾国藩就下令裁撤曾国荃直接指挥湘军两万五千人。年多后，除湘军水师改编为经制长之水师，其余曾氏兄弟直辖湘军均被裁撤。与此同时，左宗棠部湘军也由六万余人裁去四万多，其余江西、湖南等地湘军也大部遣散。
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