盐在壁画地仗层和颜料层中结晶。降雨时，潮湿空气进入洞窟，被壁画地仗和岩体吸收，再次使盐分溶解。这个过程反复发生，导致岩体疏松，壁画出现空鼓、起甲、酥碱等病害。这些病害对壁画的破坏非常严重，且难以控制。
最可怕的是地质灾害。莫高窟建造在砂砾岩体中，且位于甘肃省河西地震区边缘。在自然营力的缓慢侵蚀与历史上各类突发地质灾害的叠加作用下，开凿洞窟较多的岩层存在着许多纵向和横向裂隙，风蚀、雨蚀致使裂隙发育加剧，破坏了岩体赖以固结的泥质、钙质胶结物。一千多年时间，引起莫高窟立面岩体局部垮落、坍塌，一些洞窟的甬道和前室部分已不存在。这种状况，在1964年的加固工程之后得到缓解，不稳定的脆弱岩体得到了加固，阻止了岩体的坍塌。
还有一种灾难就是人为导致的破坏，最典型的就是臭名昭著的华尔纳之流剥离、盗窃敦煌壁画的行径。1923年9月，华尔纳一行从西安出发，第一次代表美国哈佛大学福格艺术博物馆在中国实地考察。这支考察队轻车简从，只带了滑膛枪、自动手枪、地图、化学药品以及照相器材。这是一次蓄谋已久的文物盗窃，华尔纳一开始就瞄准了中国美术品。他相信，只要带回实物的壁画，就能在哈佛大学实验室的帮助下，弄清唐朝壁画名家所使用的颜料及其来源，解答艺术史上一些难以捉摸的问题。华尔纳利用特制的化学胶布粘取了26方最为精美的壁画，还盗走了几尊经典的彩塑。
严重的人为破坏还有哥萨克士兵在洞窟里的肆意破坏。俄国“十月g,m”后，沙俄旧部阿连阔夫率领的阿尤古斯军团败退中国境内，新疆督军古达云运筹帷幄、决胜千里，在与阿连阔夫所率领的哥萨克军队经过一番惊心动魄的较量之后，最终使其解卸武器。当时的新疆督军遵守国际公约，应他们的要求护送阿尤古斯军团踏上了前往第三国的征程。但因时局动荡，北洋z.府当局恐战火再起，便于中途令其滞留甘肃敦煌。因此1922年，在愚昧无知的官吏的操纵下，莫高窟的一些洞窟变成了哥萨克士兵的营地。莫高窟曾一度关押了数百名哥萨克士兵，他们居然在洞窟中烧火做饭，烟熏火燎，胡乱刻画，造成了洞窟壁画的毁坏。
此外，一度也有敦煌当地人进洞点火做饭，甚至把洞窟充当羊圈，还有在壁画上乱写乱画的。王道士除了出卖藏经洞文书之外，为了方便往来各个洞窟，他居然在洞窟之间打了穿洞，以开辟行走的通道，极大地破坏了许多洞里的壁画。常书鸿先生主持敦煌文物研究所的工作之后，实施了封洞。现在我们还能在莫高窟看到被封堵上的王道士的穿洞。
此外
