组成“西北科学考察团”，向达、夏鼐、阎文儒等对敦煌莫高窟进行考察，还调查了敦煌的汉长城遗址，发掘了一些古墓葬。向达的两次敦煌考察，对敦煌石窟大部分洞窟登录内容，抄录碑文、题记，考证洞窟年代等。他以《瓜沙谈往》为总题，发表了《西征小记》《两关杂考》《莫高、榆林二窟杂考》《罗叔言（补唐书张议潮传）补正》等四篇文章，创立了将敦煌文献研究与实地考察调查、考古调查相结合的科学研究方法。
第二个时期是从1944年敦煌艺术研究所成立开始至1950年改名为敦煌文物研究所之前。
在于右任先生的倡导下，经过一年的筹备，于1944年在莫高窟正式成立了敦煌艺术研究所，常书鸿任所长。当时的研究所，在人员稀少、工作和生活条件极其艰苦的背景下，做了许多保护、临摹、展览工作，还对敦煌石窟做了全面的清理，聘请工程师盛其立测绘莫高窟南区立面图，请陈延儒工程师测绘了部分洞窟的平面、剖面图。至50年代，又由孙儒僩、何静珍完成了莫高窟北区立面图。
研究所针对过去历次编号存在的多有遗漏和混乱无序的问题，做了一次全面有序的编号。这次编号虽然也存在一些不足，但较以前的几次编号，有了较大的改进，便于使用和查找，这次编号使用至今。这一时期洞窟的调查、记录工作成果累累，有着重要的历史价值。史岩调查完成了《敦煌石室画像题识》，这是最早的莫高窟供养人题记抄录汇集。1944年李浴完成了《莫高窟各窟内容之调查》（未刊），对洞窟的记录更为详尽。1946年阎文儒著《安西榆林窟调查报告》，对榆林窟的内容做了调查、登录和研究。敦煌艺术研究所将敦煌石窟内容和供养人题记的调查与记录，作为一项长期工作，组织多人反复调查、核对、校勘、修改和补充；调查一次比一次更为完善，这些资料为日后敦煌石窟内容总录和供养人题记的出版奠定了基础。此外，研究人员开始围绕敦煌石窟对不同领域资料进行查阅和探索。这些应看作是敦煌石窟研究的开端，为日后敦煌研究的发展打下了坚实的基础。
第三个时期是从1950年改名为敦煌文物研究所开始至1966年“文化大g,m”之前。这个时期是敦煌石窟研究的发展时期，包括考古研究在内的各项研究工作逐步开展起来。遗憾的是，“文化大g,m”期间，敦煌石窟的各项工作处于停顿状态。
这个时期，我国的一些考古学家探索运用考古学的方法对敦煌石窟进行科学调查、记录，进而探讨排年、分期研究。50年代初，夏鼐在《漫谈敦煌千佛洞与考古学》一文中，首先谈到了如何将考古学
