石窟内容和供养人题记调查、记录和出版。
石窟内容和供养人题记调查、记录是石窟研究的基础性工作。至七八十年代，在前人研究的基础上，经过再次复查、校勘、增补，凝结了几代人心血的重要研究成果—《敦煌莫高窟内容总录》《敦煌石窟内容总录》《敦煌莫高窟供养人题记》等终于问世，为学术界研究敦煌石窟提供了实用的权威基础资料。
第二，敦煌石窟考古报告编撰。
20世纪80年代末期开始再次将敦煌石窟考古报告提上议事日程。经过长期的探索历程，扩大了考古报告的团队力量，在研究院考古研究所成立了考古报告编写小组，院里成立与考古报告有关专务部门组成的《全集》工作委员会，拟定了《全集》编辑出版规划，确定了石窟考古编写的体例，加强了科技手段。经过反复挫折、反复修改，综合考古、美术、宗教、测量、计算机、摄影、物理、化学等人文和自然学科领域的研究成果和技术，终于编纂出版了具有科学性和学术性的《敦煌石窟全集》第一卷《莫高窟第266—275窟考古报告》。
第三，石窟遗址和洞窟的清理发掘。
1979—1980年，恢复了60年代中断的莫高窟南区窟前殿堂遗址发掘。此次在莫高窟南区南段清理出的第130窟窟前下层遗址，是莫高窟窟前规模最大的铺砖殿堂建筑遗址。1985年，将“w.g”前后的莫高窟南区窟前殿堂遗址发掘资料进行整理，出版了发掘报告《莫高窟窟前殿堂遗址》。
1999年10—11月，为配合莫高窟窟前环境整修工程，对第96窟（北大像）窟前和窟内进行了清理发掘。窟前发现了民国、清代、元代、西夏及初唐时期的殿堂遗址和遗物；窟内发现了民国、清代、元代、西夏及初唐时期的洞窟地面和遗物。这一次的发掘，首次发现了莫高窟初唐时期的窟前殿堂遗址，恢复了北大像的原有高度，为莫高窟南区窟前地貌变迁提供了资料。
1988—1995年，经过了对莫高窟北区洞窟六次大规模的清理发掘，这项重要的考古发掘工作，为揭开莫高窟北区神秘的面纱，了解莫高窟的全貌和营建历史，提供了宝贵的实物资料。通过对莫高窟北区长达700米的崖面上已,bao露和被沙掩埋的全部洞窟进行清理和发掘，探明该区共有洞窟248个（含已编号的第461—465窟），基本上弄清了每个（或组）洞窟的结构、使用状况、功能和年代。其中有僧众生活的僧房窟、修行的禅窟、仓储的廪窟、葬身的瘗窟等，形制有别，功能不同。洞窟的分布大致是，北朝洞窟从该区南部开始，隋唐的洞窟分布在中部，西夏之后的洞窟集中于北部
