展望学术研讨会”，发表论文《敦煌莫高窟的保护》。负责向国家计划委员会申报莫高窟用水工程项目。负责向国家财政部争取到莫高窟通信设施的经费。
1995年担任中国宗教学会第三届理事会理事。荣获甘肃省优秀专家称号。主持完成榆林窟东崖危崖锚杆加固和裂隙灌浆工程。应邀赴泰国参加“亚洲的未来国际学术会议”，并发表论文《敦煌莫高窟开放的对策》。在美国盖蒂保护研究所发表主题演讲《莫高窟今后保护工作的设想》。
1996年主持筹建“中国敦煌石窟保护研究基金会”，并参加在人民大会堂举行的成立大会，担任副理事长。主持敦煌研究院、日本东京都美术馆、朝日新闻社、朝日电视台联合举办的“沙漠中的美术馆——永远的敦煌”筹展工作。应邀赴日本参加敦煌莫高窟保存与相关问题国际研讨会，发表论文《敦煌莫高窟的保护与国际合作概要》。
1997年应邀赴印度英迪拉·甘地国家艺术中心参加“收集整理中亚文物信息国际讨论会”，发表论文《敦煌莫高窟及其保护、研究工作》。与美国盖蒂保护研究所阿格纽先生合作撰写《敦煌——中国佛教宝藏》，在《科学美国人》（ScientificAmerican）杂志上以英文发表，在《科学》杂志上以中文发表。赴日本与东京国立文化财研究所协商继续合作研究保护莫高窟事宜。为北京大学中文系古典文献专业实习学生做主题讲座。
1998年任敦煌研究院院长。任第九届全国政治协商委员会委员。赴浙江大学签署《多媒体与智能技术的集成及艺术复原》课题协议书。为美国丝路基金会考察团做《敦煌莫高窟分期的方法与成果》学术讲座。赴山西大同参加“首届中华石窟旅游讨论会”，并做了《如何处理好保护与旅游关系》的发言。编著《中国美术分类全集·中国壁画全集·北周卷》，辽宁出版社出版。
1999年被聘为中国敦煌吐鲁番学会副会长。主持启动敦煌研究院与梅隆基金会、美国西北大学的合作项目“敦煌壁画数字化档案”。编著的《安西榆林窟》由甘肃民族出版社出版。论文《丝绸之路上的敦煌莫高窟（二）·敦煌艺术的创造和它的创造者》发表于日本《近畿化学工业界》。
2000年全面主持筹办“2000年敦煌学国际学术讨论会”“敦煌藏经洞发现百年特别展”“敦煌藏经洞发现百年纪念座谈会”。出席敦煌藏经洞陈列馆揭幕仪式。应邀担任“香港敦煌佛迹防护功德林计划”筹备委员会委员，为莫高窟防沙治害、绿化植树募集资金。赴英、法考察散失的敦煌文献和敦煌绢画等文物，应邀为大英图书馆做学术讲座。主编并
