小鼠是在通氧
环境里用无菌剖腹产方式接生出来，从而避免
与同窝幼鼠、母鼠和其他微生物接触。研究者将它们饲养在无菌独立笼子里，喂以无菌食物并加以观察。无菌小鼠可以存活，但并不健康。它们肯定不是小鼠中佼佼者——它们身材瘦弱，脑、肠道和免疫系统都发育不良。喂养无菌小鼠开销巨大，为保持正常体重，它们需要比正常小鼠多摄入1/3热量——这说明肠道微生物在消化吸收过程中发挥重要作用。[9]
大部分细菌生活在大肠（结肠）部分。结肠位于直肠之前，长约5英尺（1.5米），吸收食物中水分。结肠前端是小肠，大部分食物和能量在这里吸收进血液。通常食物先被牙齿切碎，被唾液和胃中酶消化，再到达肠道。小肠中也有细菌，不过数量要少
些，
们对它们知之甚少。那些需要更长时间消化吸收食物，就从小肠进入聚集大量细菌大肠。
给无菌小鼠喂食正常菌群，几个星期后，它们仍然不能正常发育，但是如果它们出生时有正常菌群，后来再使用抗生素杀灭细菌（就像人类所做样，这带来灾难性后果），尽管它们仍不健康，但是比无菌鼠发育好得多。
细菌比基因更能准确预测肥胖
肠道细菌及肠道菌落变化，可能是导致肥胖这流行病，以及随之而来糖尿病、癌症、心脏病等严重疾病原因。研究肠道细菌DNA比研究人体全部2万个基因能更好预测人肥胖程度。随着们也开始关注病毒和真菌，预测准确性会进步提高。人体内肠道细菌种类微妙区别，可以解释饮食和健康之间许多关联，解释为什
对不同人、不同人群食物研究结果如此不致。比如，肠道菌群差别能解释为什低脂饮食能使些人成功减肥，为什有人摄入高脂饮食能保持健康而另些人却面临健康风险，为什有人可以吃很多碳水化合物不会发胖而另些人吃量相同却吸收更多热量、越来越胖，为什有人可以放心地大啖红肉而另些人却患上心脏病，甚至为什老年人搬到养老院居住、饮食改变后，很快就会生病。
提倡和施行只吃某些种类食物限制性饮食方案，必然导致微生物多样性进步减少，并最终损害健康。间断性断食（比如轻断食，或者5：2饮食法）可能是个例外，因为短期断食会促进有益菌生长，但前提是正常饮食那些天饮食种类很多样。15000年前，们祖先个星期会吃大约150种食物，而现在大部分人只吃不到20种，而且其中许多甚至大部分种类，都是人工加工过。令人沮丧是，大部分加工食
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