发生
改变，这也可能是造成不同健康功效
原因。长期以来人们认为大豆具有功效现在也被推翻：比如，研究人员认为大豆对改善更年期症状和骨质疏松没有明显效果。[181]
如前所述，同样食物对不同人会产生不同作用。即使是同
种豆制品，对西方人作用就和对亚洲人作用不样。大豆含有种特殊抗氧化物质，名为大豆异黄酮（isoflavones），它被肠道细菌转化成为名为内分泌干扰物（endocrinedisruptor）活性化合物，这些化合物会扰乱激素通路，改变基因表达。有观点指出它们会发挥类雌激素作用，可能增加癌症风险。在工作之初，
对该假说很感兴趣，并展开相关研究，还发表全球大豆消耗与胰腺癌发病率有关这从观察性研究中得出结论。[182]后来研究证明，这也是由研究偏倚得出错误结论，目前没有可靠证据表明大豆制品对胰腺功能有负面影响。
已知证据表明，异黄酮不会直接影响雌激素水平，但可以激活雌激素受体，调控基因表达（表观遗传学）。因此异黄酮可以通过激活或沉默基因表达，细微地调节激素生成，并有可能影响生育率、精子数量及胚胎发育，这潜在作用令人担忧。考虑到人们往往在不知情情况下通过加工食品摄入大量大豆蛋白，或者因为觉得大豆蛋白更易消化而用来喂养婴儿，们应该针对大豆蛋白可能长期副作用展开更严谨研究。
肠道中微生物是消化大豆，将其分解成具有活性化合物并且调控化合物清除速率关键。亚洲人肠道菌群与欧洲人不同，它们可以更好地分解大豆，生成更多异黄酮。[183][184]美国大豆健康功效游说组织，以薄弱观察性研究结果为证据，使“大豆蛋白对心脏有保护作用”这说法得到z.府认可。然而，除非你吃大量加工食品或垃圾食品，或者你经常吃日式分量味增汤、毛豆或天贝，并且天吃三次（总共约100克），大豆才可能发挥它益处。
现代加工食品问题是你没法弄清楚它成分。很少能从标签中得到有用信息。和其他豆类及豆科植物样，大豆成分很复杂，含有几百种物质。其中些有毒性并且会阻碍营养物质吸收，比如植酸，其他成分则可能对身体有好处（比如纤维和不饱和脂肪）。但是工业化加工过程往往是从大豆中提取出大豆蛋白，并且将其进步分解。去除大豆中其他天然成分高浓度大豆蛋白可能对人有害，事实上们对此并不解。而本来应该和天然大豆中复杂成分互相作用肠道菌群
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