清净业障的方法首先就是要生起忏悔心。
在佛陀为众生宣说的诸多忏悔法门中，金刚萨埵修法被称为“忏悔之王”。诸佛菩萨在本体上没有任何区别，只是由于诸佛在因地修行时的愿力不同，在众生面前才会有不同的显现。金刚萨埵在因地时曾经发愿：如果不能使任何持我名号、向我祈祷而做忏悔的人罪障清净，我誓不成佛。
现在金刚萨埵早已成就佛果，其誓愿
很有信心，而对像皈依、发心这样的基础修法却不太重视，认为这些修法过于简单。其实证悟空性与修持菩提心是分不开的，如果相续中没有生起无伪的菩提心，就不会产生证悟空性的智慧，无法真正断除贪执，得到解脱与成就。
对所有众生生起菩提心，这句话说起来容易，真正做起来对一般初学者来讲比较困难。所以在修菩提心时也要认真闻思，先了解修行次第。
修持菩提心时，在皈依境前观想：无始以来在六道中轮回的众生没有一个未曾做过自己的父母，他们做父母时对我都有很大的恩德，现在他们由于无明不得不在六道中漂泊，感受痛苦。为了能让他们早日脱离轮回，我一定要修成能救度众生的佛陀的果位。这样的观想绝不是在思想上随便造作一下就可以，一定要做到表里如一！
一般初学佛的人因为对亲友贪执等原因，很难一下子在相续中生起菩提心，所以在修持时大家可以先从对自己有恩德的亲人、朋友开始观想：首先对他们生起菩提心；然后是与自己无关的普通人，对他们生起菩提心；再然后是对自己有过损害的怨敌，对他们也生起菩提心；最后将菩提心推及六道中所有众生，希求所有众生都能获得如来正等觉的果位。
念诵发菩提心的偈颂念诵时，也应当与皈依一样，一边念诵，一边在心中发愿，圆满念诵十一万遍，心中也同样要这样发愿十一万遍。即使圆满了十一万遍的念诵观修后，还要长时间地反复观修、串习，直到自己的相续生起真实的菩提心。如果只是在散乱中念诵了十一万遍的偈颂，真实的菩提心是不会在我们的相续中生起的。
没有菩提心，要想证悟大圆满法，根本不可能。
三、金刚萨百字明
五加行中的第三个修法是金刚萨埵百字明。凡夫在六道中轮回，未能证悟万法实义的主要原因之一，就是我们在无始以来的轮回中所造下的罪业和积累的迷乱习气。不用说无始以来造下的恶业，仅今生今世，所杀众生的数量就已经不可胜数。“纵经千万劫，所造业不亡”。
华智仁波切讲：“若杀一有情，需偿五百生。”这都是佛陀与传承上师的金刚语。
大家想一想，如果我们造的这些恶业不清净，将来果报现前，我们根本无法承受。
