资匮乏、信息闭塞、孩子不能上学等种种困难，毫不畏惧，以对敦煌文化艺术
无限热爱和倾情保护之心，扎根大漠，含辛茹苦，筚路蓝缕，初创
敦煌石窟保护、研究和弘扬基业。
常书鸿先生克服人员和资金短缺困难，在极其艰苦工作条件下，白手起家，
边抓保护，边抓艺术。他带领大家清除数百年来堆积在三百多个洞窟内积沙，拆除洞窟中俄国人搭建全部土炕土灶，对石窟做力所能及初步整修，还募款为部分重点洞窟装窟门，修建长1007米土围墙，有效地阻挡人为破坏和偷盗，莫高窟得到初步保护。
与此同时，在缺乏资料和起码研究条件情况下，常所长带领大家开始临摹工作，短短几年就产生第批数百件壁画临摹品。敦煌壁画摹本曾在南京、上海、重庆等地举办敦煌艺术展览中展出。他们还对莫高窟各窟做更合理重新编号；对洞窟内容和供养人题记进行全面调查记录；撰写洞窟说明；设置陈列室，展示文物；制定进窟工作和参观管理办法。当时在极其艰苦条件下开展这些工作，是难能可贵，这为开辟敦煌石窟研究新领域迈出可喜第步。
1950年，敦煌艺术研究所改名为敦煌文物研究所，常书鸿先生继任所长。他以更大力度针对莫高窟壁画和彩塑病害、崖体风化和坍塌、风沙侵蚀等严重威胁文物安全问题，对洞窟中病害严重壁画和彩塑开展初步抢救性保护和修复；对裂隙纵横莫高窟南区危崖和洞窟实施全面大规模危崖加固工程，经过加固莫高窟能承受7级强度地震，使濒临坍塌洞窟脱离险境，得到妥善保护；为防止风沙对壁画和塑像侵蚀，还着手在崖顶做防治沙害试验。
20世纪五六十年代，是敦煌彩塑和壁画临摹黄金时期。段文杰、史苇湘、李其琼、霍熙亮、李承仙、欧阳琳、关友惠、刘玉权等前辈画家专心绘事，辛勤工作，临摹大批敦煌石窟中经典代表性壁画。雕塑专家孙纪元、何鄂也临摹些经典敦煌雕塑作品。敦煌研究院现藏敦煌艺术临摹品大多产生于这时期。当时临摹壁画和彩塑，还举办国内外展览。敦煌临本展览，不仅弘扬敦煌艺术，而且引起些专家、学者对敦煌兴趣，他们从中收集资料，开始对敦煌石窟艺术和图像关注和研究。
1963年来到敦煌时候，常先生已经开始重视敦煌石窟人文学科研究。常先生学识渊博。20世纪30年代留学法国期间，他在研究西方绘画艺术同时，就开始反思中国民族传统艺术，探索中国未来绘画，发表《巴黎中国
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