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不过，即使高蛋白饮食也不能长期蒙混过关。
段时间后，皮质醇水平升高，甲状腺素水平下降，因为两种情况都可以增加脂肪囤积、降低能量消耗水平。[149]尽管针对不同饮食方案发生
代谢改变不，但身体总有办法保证脂肪补给。
们都知道，对有些人来说，会有某种饮食法有效，而其他全都无效，还有人，大部分饮食法对他都无效。这或许不是意志力问题。有人下定决心要减肥，但可能有些原因使身体对饮食调节不起反应。大部分饮食法在头两个星期有很好效果，但是减掉多是水分。当身体对长期低热量饮食做出反应时，人与人之间在消耗脂肪难易和代谢率减慢程度上会显现出巨大差异。其中机制非常复杂，不论它是由肠道菌群或者神经递质还是心理因素引起，在很大程度上都受基因和微生物影响。
很难确定高蛋白饮食效果和副作用多大程度上是由减少碳水化合物引起，又有多大程度是高蛋白带来。在最新版本阿特金斯饮食法中，这价值数十亿美元庞大产业背后灵魂人物越来越强调低碳水化合物而不是零碳水化合物重要性，同时也不再鼓吹大量进食肉类。他们也试着让人们增加植物纤维摄入。尽管饮食限制放宽
，但仍然存在痛风、便秘和口臭等副作用。奇怪是，用阿特金斯饮食喂养老鼠22个星期——相当于人类几年，老鼠健康状况也不佳。它们出现胆固醇和血脂异常、身体处于促炎症状态、肝脏脂肪含量增加、葡萄糖不耐受及胰脏体积缩小等状况，与此同时却没有任何体重减轻迹象。[150]
微生物预测减肥效果
代谢状况可能影响身体对某种特定减肥饮食法反应。同事达斯科·埃利希（DuskoEhrlich）是获得欧盟2000万欧元资助微生物项目负责人，该项目名为“人类肠道宏基因组学”（MetaHIT），其研究成果部分解释这些问题。研究人员不仅确定肠道细菌单个基因DNA序列（传统方法），而且确定每个细菌体内每个基因DNA序列，然后像幅大型拼图那样构建出基因组成。这种方法称为“鸟枪法宏基因组学”（shotgunmeta-genomics）。因为数据繁多，构建计算复杂，这项检查花费不菲——每人几千欧元。
研究人员检测微生物对减肥饮食法反应。在食用富含纤维素碳水化合物（44%）和高蛋白（35%）组成低热量饮食（1200千卡）6个星期后，49名志愿者都减轻体重。接下来摄入热量增加20%，并持续6星期。志愿者在头6个星期减轻体重后
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