，慢慢稳定下来；有些人的体重很快反弹。预测谁的重量减轻最多与意志力和起始体重都无关，而与肠道微生物组成有关。[151]
尽管所有的志愿者都从6星期的高蛋白低碳水饮食中受益，但肠道菌群多样性贫乏、数量较少的志愿者结果最差。他们血液中的炎性因子水平没有下降，体重也很快反弹，回复到初始状况。在法国的志愿者中，肠道菌群多样性较差的人占40%，在另一项规模更大的研究中，此类志愿者在292名丹麦病人中占23%。这样的人通常更肥胖，胰岛素水平更高，内脏脂肪更多，脂质水平也异常，这意味着他们患糖尿病和心脏病的风险也更高。[152]
研究也发现了在拥有丰富多样的肠道菌群的健康人体内常见、但在肠道菌群多样性较差的人体内少见甚至缺乏的几种关键细菌，包括前面谈到过的有益菌，如双歧杆菌，普拉氏梭杆菌，乳酸菌和古老的产甲烷菌——甲烷短杆菌（Methanobrevibacter）。我们可以将这些细菌的作用与生物多样性栖息地中的关键物种相类比，例如美国黄石国家公园中的狼，它们的消失和随后的人工引入。缺少这些关键细菌，肠道环境就会失衡。
研究人员发现微生物多样性更丰富的人体内炎症水平较低，有益的丁酸盐浓度较高。他们提出测量个体菌群多样性（或说丰度）或许可以作为一种创新性的方法，更好地判定健康状况及未来患诸如糖尿病等疾病的风险。目前他们正在开发可用于临床的检测方法。[153]
对于体内微生物多样性不足的志愿者来说，高蛋白低碳水的饮食也发挥了一定作用。6个星期之后，他们的体重都有所减轻，肠道微生物的多样性显著增加。问题是之后体重的反弹。试验的持续时间和强度可能还不足以完全重塑微生物菌群，永久改变其组成。试验还无法确认，究竟是对热量的限制、碳水化合物的缺乏还是大量的蛋白质造成微生物种类的改变。
多项研究表明，吃蔬菜水果和纤维素越少，体内的微生物种类就越少，不过也可能是较单一的微生物种类反过来影响了人的饮食偏好。虽然没有亲身尝试过，但在高强度的高蛋白低碳水饮食开始前，先在6个星期里大量吃蔬果以增加肠道微生物的丰度，说不定可以产生更好的效果。
简约主义拯救地球
如果减肥不是你的主要目标，那么经常吃肉可能带来的健康影响怎样？素食者认为人没有必要吃肉，吃肉不仅造成动物的苦难，还引起全球变暖。据研究估计，因为效率低下的现代工业化养牛方式，全球肉类和乳制品的生产过程贡献了1/5的温室气体，造成气候变暖。因此有人呼吁我们即使
