明察暗访，对
些违规
村寨和村民，大开杀戒，杀儆百，尤其是在亳州、蒙城带，有时个村寨就诛杀十多人。这样来，当地百姓很少敢跟捻军联系
，捻军没有村民作掩护，不仅失去根据地，也失去存在基础。
年后，即1866年7月，曾国藩进步完善战略思想，那就是要把捻军限定在定范围之内，选择河流作为自然屏障，在河流边布防。曾国藩把捻军活动范围锁定在运河以西、贾鲁河以东、黄河以南、沙河与淮河以北地区，在可能渡河岸边重点布置人马，制造屏障，封锁住这些河流。这样，捻军活动范围受到限制，马队也就没优势。这个办法，真亏曾国藩想得出来。应该说，这完全是个笨办法，因为防范面积之大，工程量之大，可以说是前所未有。但在没有更好手段前提下，这样笨办法，也不失为个聪明之举。很快，这个办法取得些明显成效，捻军活动范围被限制在狭小区域里，顿感局促，他们再也不能像以前那样随意驰骋。当捻军马队跑不起来时候，曾国藩部队洋枪洋炮也就派上用场。
应该说，曾国藩这战略，在具体施行过程中，是有相当作用。这也使曾国藩在近两年时间内，几乎跟捻军打个平手，而且有效地消耗捻军实力，摸索到整套对付捻军经验，这也为后来李鸿章最后获胜奠定基础。
在剿捻过程中，最让曾国藩伤脑筋，是他与地方关系处理。地方大员处事不力，让曾国藩很是头痛。由于剿捻牵涉到安徽、江苏、山东、河南、湖北等好几个省，地域广大，加上参战部队良莠不齐，异常复杂，政令经常不畅。不仅如此，曾国藩还得劳神耗心地处理各种各样复杂内部矛盾：有地方军和正规军，地方军与地方军，黄河北岸军和南岸军，湘系与淮系，等等，错综复杂。处理这些千头万绪矛盾，是件极耗心力事情，而且，对于做事认真执著曾国藩来说，处理复杂矛盾，本来就不是曾国藩特长。尽管曾国藩在重新出山之后颇得黄老之道，但对于朝野内外那种复杂无比人事关系，坚持原则曾国藩直颇感失望。可以说，这些盘根错节，让曾国藩觉得心力交瘁。每当曾国藩处理件类似事情，他就会平添分失望，也萌生分去意。
剿捻之初，最让曾国藩伤透脑筋，就是陈国瑞与刘铭传“械斗案”。陈国瑞原是太平天国员悍将，之后反戈击投降僧格林沁。因为打仗很勇敢，僧格林沁对他十分器重。僧格林沁死后，陈国瑞划归曾国藩指挥，当时，以总兵身份驻扎在济宁。淮军名将刘铭传率领
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