起作用
，还是曾国藩式笨拙、扎实、从根本上做起。
咸丰对何桂清非常痛恨，在上谕中斥责他道：“闻风先逃，民望何在？该大臣既抵常州，有兵有将，声势自应更壮，何畏葸若此！”“平时无事侈谈彼短，
旦决裂，尚不自知认罪，犹以书生自居，可叹可恨，殊有负书生。”将他革职拿问，命地方官逮送何氏进京。(31)
然而当何桂清逃到上海时，薛焕正以江苏巡抚职位驻扎上海，浙江巡抚王有龄也还在位，因此两人联手营救何桂清，再上奏，多方庇护，请准何桂清留营效力，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”(32)。说要利用何桂清剩余价值，让他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京服罪。薛福成在《书两江总督何桂清之狱》中说：“总督何桂清弃常州也，巡抚徐节愍公严劾之，上命褫职逮问，乃由常州奔上海屡以激团练，购内应，谋复苏州为名，迁延两年，竟不就逮。江苏巡抚薛焕、浙江巡抚王有龄，皆桂清旧时属吏，夙所荐达者也，颇力庇桂清，合疏奏请弃瑕录用，俾夺后效，以赎前罪，诏不许。”不久恰好英法联军内犯，咸丰出奔承德，内忧外乱之中，没有再腾出工夫处理他，容他在上海租界苟且偷生
两年。
然而，曾国藩成两江总督，李鸿章就任江苏巡抚，注定再没有何桂清好日子过。李鸿章就任江苏巡抚后，立即拿着恭亲王奕命令，与上海租界巡捕房洽谈，逮捕藏在租界内何桂清，解送北京。
何桂清是个精通潜规则人，被捕以前，已经“潜令心腹，以重赀入都，遍馈要津，凡有言责者，鲜不受其沾润。自谓布置停当，放胆而行，于同治元年（1862）春到京”(33)。1862年5月，入刑部狱他仍然信心满满，以为可以死灰复燃，重新出山。因为是慈禧太后当时垂帘未几，处事以君臣“同治”为宗旨，对于前朝罪臣，不肯轻做裁决；二是此时他举主彭蕴章虽然已经失去军机大臣职位，但是另位反对曾国藩重臣祁寯藻已经重新出山，再掌大权。
早在咸丰四年（1854），祁寯藻因不得咸丰欢心，抽身引退，告老还乡，在家做六年寓公。(34)祺祥政变后，祁寯藻作为前朝元老重臣，又是肃顺老对手，在新政局中具有不可忽略影响力。立足未稳两宫皇太后为安定局面，笼络人心，于咸丰十年（1861）十月重新起用他，做年幼皇帝领班师父，让他再次进入权力中心。
因此何桂清入京后，祁寯藻马当先，为营救何桂清首先单冲上折，他所持理由是：
刑部原奏即称遍查刑律，如临阵先退、弃
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