天下
目光都聚焦到
南京，看“曾铁桶”围城。相比李鸿章用开花大炮几个月就攻下
围金陵，所统部队很快增加到三万五千人。曾国藩也调兵遣将，全力支持，将萧庆衍部
万五千人调至天京城下助攻，这样围城湘军陆军人数达到五万人。曾国藩又调鲍超攻占江浦，为曾国荃扫清周围。
曾国藩为弟弟获得这首功，做好切准备。曾国荃也很争气，在水师配合下，接连拿下天京城外多个战略要地，特别是与水军联合攻陷太平军坚固设防九洑洲，军事进展看起来很顺利。曾国荃本来听降卒称，南京城中“粮不足半年”，所以认为年多拿下南京应该没有问题。
然而事实却出乎他意料。
正如曾国藩说过“洪逆非诸贼可比，金陵非他城可比”(28)，南京确实比其他城市难攻。湘军进攻南京办法，是乘夜偷爬城墙，二是开挖地道用炸药轰城。然而南京城墙体坚固，墉堞高峻，“至低之处犹及七丈以外”。太平军捍卫首都决心非常坚定，在防御上又经营多年。他们“复工于设守，梯冲百具，无所用之”。要靠爬城墙进去，几无可能。
那就只剩下地道战法。然而太平军除在城墙上严密巡哨之外，还在城内沿城墙挖很多地窖，埋放许多大缸，令人蹲在缸里细听，以确定湘军开挖地道方位。然后或与敌人对挖地道，使其炸药不能奏效，或用重锤将敌人地道砸塌，破坏其轰城计划。有次，湘军虽然轰倒段城墙，但仍隔着护城河，不能迅速涌进，遂被太平军重新封起，坚守如故。
曾国荃百计无效，看来“止可为严守长围，绝其接济，以待其自毙之策”。(29)只有等城里粮绝，活活饿死。然而天京存粮实际上也远多于他城，特别是有许多普通人不知道秘密窖藏，所以曾国荃虽然已经截断城外接济，但是城中粮食仍然可以坚持很长时间。曾国荃向城内派出间谍，希图策反。然而南京城中多是太平军“老兄弟”，信心坚定，不能奏效。
曾国荃百计尽施，攻坚战、偷城战、地道战、间谍战，想尽切办法，皆不成功。眼看着三年快要过去，在这三年时间里，李鸿章、左宗棠等人在江浙各地进展都非常顺利。
李鸿章到上海之后不久，借上海地利之便，让淮军从武器到训练都迅速西方化，军队战斗力提高很快，用西洋开花大炮拿下苏州常州等名城，战功赫赫。
而左宗棠战功也样不凡。左宗棠先后收复金华、富阳，围困杭州。大致在李鸿章收复苏州同时，左宗棠也攻占杭州。
这样，到同治三年（1864）初，各地战事陆续平息，天下大城，只剩下金陵未下。
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